一、发展主题
国立故宫博物院南部院区以「国际级的亚洲艺术文化博物馆」为其定位，从亚洲宏观的角度展现典藏国宝的时空脉络与文化背景，并塑造台湾与亚洲其它地区、以及世界各地文化相互联结的新意识。
展示主轴将以佛教造像、织品、陶瓷、茶文化、嘉义发展史等常设展厅，搭配专题展厅与借展厅，发挥亚洲文物的典藏、研究、维护、教育及展示等功能。
开幕十大首展包含下列重点：
（一）认识亚洲－导览大厅多媒体数字展
（二）奔流不息－嘉义发展史多媒体数字展
（三）佛陀形影－院藏亚洲佛教艺术之美
（四）锦绣缤纷－院藏亚洲织品展
（五）绚丽多姿－院藏南亚服饰特展
（六）尚青－高丽青瓷特展
（七）扬帆万里－日本伊万里瓷器特展
（八）草木人情－亚洲茶文化展
（九）越过昆仑山的珍宝－院藏伊斯兰玉器特展
（十）蓝白辉映－院藏明代青花瓷展
二、营运目标
依据「国立故宫博物院南部院区筹建计划」书，国立故宫博物院南部院区之营运目标系能藉由展示发扬亚洲文化并促进文化交流，此外，强调在地性的草根精神文化，藉由系统性的串联，构筑嘉南地区文化观光系统。
（一）主题定位－「亚洲艺术文化」品牌打造
「博物馆的典藏与展示功能」与「园区的体验与消费功能」密切结合。
（二）体验服务—提升观览游客的游憩质量
提供文化创意展演、体验设施空间，建立专属于南院的文化体验服务。
（三）推广教育－文化创意公私合作模式
纳入文创产业相关软件规划，藉由品牌授权、商标授权、图像授权等合作关系，发挥最大的推广与教育功能。
三、土地使用分区
国立故宫博物院南部院区土地面积约682,845平方公尺，整体规划土地使用包含：博物馆院区、博物馆附属设施区、文化体验休憩区、住宿服务区、水绿基盘设施区、公用设备区、停车场、滞洪池、保育区…等等。
